【whenever】はRubyとCronの橋渡しをしてくれるようなgemで、DSLで処理を記述しておくだけで crontab に書き込んでくれるという嬉しい代物です。bash経由で実行するようです。
Railsでももちろん使えて、rakeやrunnerなどを実行できますが、runnerの場合、うちの環境では bash のオプションに -l (--login) がついているとうまく動作しませんでした。
ので、手動で crontab -e して -l を削除しましたとさ、という報告でした。
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